Для учета затрат на гарантийные работы создайте отдельную смету внутри объекта. Внесите в смету затраты на труд и материалы. Не высылайте эту смету заказчику. После выполнения гарантийных работ и фиксации фактических расходов затраты по этой смете отразятся в общих затратах по объекту и вы получите реалистичную картину рентабельности строительства.